宇宙ステーション“ディープ・スペース・ファイブ”が何者かに攻撃された。ピカード艦長は敵を、肉体を機械に改造した集合体ボーグだと判断する。だが司令部はエンタープライズEに出動を禁じ、地球宙域で迎え討つことに。大艦隊戦の末かろうじて侵攻は防いだかに見えたが、ボーグは過去の地球を制圧しようとタイムワープを行う。人類の歴史を守るため、エンタープライズは後を追って時間を遡っていくが、そこは宇宙史的に重要な日、地球人と異星人との初めての遭遇＜ファースト・コンタクト＞の場所であった……。