ロボットアニメの一大ブームを巻きおこした「機動戦士ガンダム」の設定を一新、新たなエピソードで描く劇場オリジナル作品。総監督、原作、脚本に富野喜幸（現：富野由悠季）、キャラクターデザインに安彦良和ほか、TV版の第一期シリーズのスタッフが再集結した。スペースコロニーを開発し、生活圏を宇宙空間へ拡げた人類は、繁栄の時代を迎えていた。しかし、急速に台頭してきた巨大組織クロスボーン・バンガードは、地球政府の腐敗を厳しく批判、理想世界コスモ・バビロニアの建設を謳って、戦いを仕掛けてきた。スペース・コロニーに住む高校生シーブック・アノーは、否応なしに宇宙規模の大戦争へと巻きこまれていく。